1. В таблицах типа MyISAM установка связей повлияет только на отображение данных в phpMyAdmin (Дизайнер и связи для выбора отображаемого столбца). Данные связи работают только в phpMyAdmin и никак не влияют на данные.
2. Связи в таблицах типа InnoDB следует устанавливать, если требуется при выполнении какого-либо действия в одной из таблиц, чтобы происходило определенное действие в связанных таблицах. Например, если связаны две таблицы и вы в первой удалите строку, то связанные с ней записи будут автоматически удалены и из второй таблицы (каскадное удаление).
3. Связи проставляются исходя из логики построения БД. К примеру, есть таблица user состоящая из полей id и name, и есть таблица message состоящая из полей user_id и text. Поля user.id и message.user_id должны иметь одинаковый тип данных и могут быть связаны, чтобы установить каждому сообщению (message) своего пользователя.
4. Сменить тип таблиц с MyISAM на InnoDB можно, но особого смысла в этом нет. Считается, что таблицы типа MyISAM лучше предназначены для создания веб-ресурсов (очень большая скорость при выборке данных из БД), а InnoDB скорее для крупных, критичных к отказоустойчивости проектов (медленнее, но надежнее). Сам Joomla от смены типа таблиц ни лучше ни хуже работать не будет.