Сохраните все каталоги, которые фактически являются базами данных, и файл таблиц типа InnoDB (он может иметь разные названия, но обычно что-то вроде ibdata1). Данное сохранение не обязательно, но может помочь при возникновении проблем.

Переустановите MySQL. Обязательно выберите ту же версию, что у вас была и поставьте ее в то же самое место. Все БД должны подхватиться. Единственное, что нельзя восстановить - это пользователей и их права, их необходимо будет пересоздать.

Если MySQL установился в другое место, или по какой-то причине не смог подхватить файлы БД, попробуйте подставить сохраненные. Не трогайте каталог mysql в папке data. После подмены файлов обязательно перезапустите MySQL.