Кодировка мета-тега должна соответствовать кодировке файла. Ошибкой может быть файл в кодировке utf-8. Кодировку файла можно узнать с помощью текстового редактора, например, Notepad++.

Кодировка соединения с MySQL у вас стоит в cp1251 (character_set_connection cp1251) и если данные в БД видны нормально, то все должно работать.

Второй из упомянутых вами запросов выбирает локальные значения переменных, а первый - глобальные (GLOBAL).

2) вывод SQL запроса SHOW GLOBAL VARIABLES LIKE 'char%';:

character_set_client         cp1251
character_set_connection     cp1251
character_set_database          cp1251
character_set_filesystem          binary
character_set_results         cp1251
character_set_server         cp1251
character_set_system        utf8
character_sets_dir         C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.1\share\char..

P.S. а что этот запрос означает?
SHOW VARIABLES LIKE 'character%'
показывает:

character_set_client                utf8
character_set_connection    cp1251
character_set_database                cp1251
character_set_filesystem                binary
character_set_results               utf8
character_set_server               cp1251
character_set_system              utf8
character_sets_dir              C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.1\share\char.

3) таблица в читаемом и не читаемом виде(пробовал по разному импортировать файл), когда смотрю столбец сравнение, не меняется,всё время cp1251_general_ci.

#
# Virtual Hosts
#
# If you want to maintain multiple domains/hostnames on your
# machine you can setup VirtualHost containers for them. Most configurations
# use only name-based virtual hosts so the server doesn't need to worry about
# IP addresses. This is indicated by the asterisks in the directives below.
#
# Please see the documentation at
# <URL:http://httpd.apache.org/docs/2.2/vhosts/>
# for further details before you try to setup virtual hosts.
#
# You may use the command line option '-S' to verify your virtual host
# configuration.

#
# Use name-based virtual hosting.
#
NameVirtualHost *:80

#
# VirtualHost example:
# Almost any Apache directive may go into a VirtualHost container.
# The first VirtualHost section is used for all requests that do not
# match a ServerName or ServerAlias in any <VirtualHost> block.
#
<VirtualHost *:80>
    # ServerAdmin webmaster@dummy-host.localhost
    # DocumentRoot "C:/Program Files/Apache Software Foundation/Apache2.2/docs/dummy-host.localhost"
    # ServerName dummy-host.localhost
    # ServerAlias www.dummy-host.localhost
    # ErrorLog "logs/dummy-host.localhost-error.log"
    # CustomLog "logs/dummy-host.localhost-access.log" common
</VirtualHost>

<VirtualHost *:80>
    # ServerAdmin webmaster@dummy-host2.localhost
    # DocumentRoot "C:/Program Files/Apache Software Foundation/Apache2.2/docs/dummy-host2.localhost"
    # ServerName dummy-host2.localhost
    # ErrorLog "logs/dummy-host2.localhost-error.log"
    # CustomLog "logs/dummy-host2.localhost-access.log" common
</VirtualHost>

<VirtualHost *:80>
   DocumentRoot "C:/apache/localhost/www"
   ServerName localhost
   ErrorLog "C:/apache/localhost/error.log"
   CustomLog "C:/apache/localhost/access.log" common
</VirtualHost>

<VirtualHost *:80>
   # Папка, в которой будет корень вашего хоста.
   DocumentRoot "C:/apache/test.ru/www"
   # Домен по которому вы сможете обращаться к виртуальному хосту.
   ServerName test.ru
   # Алиас (добавочное имя) домена.
   ServerAlias www.test.ru
   # Файл, в который будут записываться ошибки.
   ErrorLog "C:/apache/test.ru/error.log"
   # Файл журнала доступа к хосту.
   CustomLog "C:/apache/test.ru/access.log" common
</VirtualHost>

Попробуйте закомментировать теги выделенные цветом. После внесения изменений перезагрузите Apache.

На счет документации вы правы, ее перестали обновлять и положили в архив. chm файла я не нашел, но документация на русском в html лежит здесь: http://pear.php.net/manual/

Упоминание русской документации отредактируем при очередном обновлении статьи. Спасибо за указание на неточность.