Да, именно так и сделала...

Так делать нельзя. Если версии MySQL идентичны, то это срабатывает, если разные, то нет. Переносить данные надо с помощью .sql дампа.

Попробуйте для всех таблиц поочередно выполнить запрос:

REPAIR TABLE `tbl_name`;