Возможно здесь имелось в виду обратное, что было бы логично.
[mono]$password = $_POST['password'];[/mono]

Во втором скрипте тоже есть нелогичная строка.
[mono]$_GET['id']=$uniq;[/mono]

Если вы не уверены в содержимом какой-то переменной, просто добавьте временно в скрипт в том месте, где переменная появляется, строку:
[mono]exit(имя переменной);[/mono]
И всегда сможете отладить, если возникнут ошибки.

if($_POST['password'] !='' AND $_POST['spassword'] !='' AND $_POST['password'] == $_POST['spassword']){
$_POST['password']=$password;
$uniq_id = md5($_SERVER['REMOTE_ADDR'].$_SERVER['HTTP_USER_AGENT'].mktime());
$r = @mysql_query("INSERT INTO users VALUES(NULL,'".strtolower($login)."','".md5($password)."','".$email."','".$uniq_id."',0)");
if($r) {
$headers  = 'MIME-Version: 1.0' . "\r\n";
$headers .= 'Content-type: text/html; charset=windows-1251' . "\r\n";
$headers .= 'From:Сайт %sitename%' . "\r\n";
$subject = "Подтверждение регистрации на сайте";
$message = 'Для активации аккаунта пройдите по следующей ссылке <a href="http://test1.ru/activation.php?id='.$uniq_id.' target="_blank">http://test1.ru/registration.php?activation='.$uniq_id.'</a>';
$message .= 'или скопируйте ссылку в окно ввода адреса браузера и нажмите enter.';
if(mail($email,$subject,$message,$headers) != FALSE) {
echo 'Регистрация завершена, на введеный Вами e-mail было отправлено сообщение для активации аккаунта';
}
else {echo 'Регистрация невозможна: Повторите запрос позднее';}

ВОТ ФАЙЛ activation.php:

<?php
session_start();
@include("config.php");
//Необходимо подключиться к БД
$link = mysql_connect($DBSERVER, $DBUSER, $DBPASS)
or die("Не могу подключиться" );
// сделать $DB текущей базой данных
mysql_select_db($DB, $link) or die ('Не могу выбрать БД');
echo "<h2>Страница активации</h2>";
if($_GET['id']!='') {
$_GET['id']=$uniq;
$r=@mysql_query("UPDATE users SET status=1 WHERE status=0 AND uniq_id='$uniq' ");
if($r) {echo '<h2>Ваша учетная запись активирована.</h2><br/> Теперь вы можете <a href="index.php">войти на сайт</a> используя данныеуказанные при регистрации';}
else {echo 'Активация невозможна: профиль уже активирован';}
}
?>
Если убрать из запроса uniq_id и подставить допустим логин, то все работает. Так что ИМХО проблема в подстановке uniq_id .
И еще одна проблемма:

$r = @mysql_query("INSERT INTO users VALUES(NULL,'".strtolower($login)."','".md5($password)."','".$email."','".$uniq_id."',0)");
а именно md5($password) каждый раз  кеш получается один и тот же, регестрировал 3 аканта под разными паролями, а хем  одинаковый записывается.
Помогите решить проблемы

SELECT работает, как я выше указал?

Пробывал, Выполнял, ничего не изменяется, хотя запрос правильный

Покажите структуру таблицы users.

Попробуйте проверить таким запросом, должно вывести найденную строку:

SELECT * FROM `users` WHERE `uniq_id` = "ccd728055424a2894d6c906365fedaf0"

//     else {echo 'Активация невозможна: профиль уже активирован';}
Но status неувиличивается? хотя пишет что учетная запись активирована

Да даже если тупо написать:
$r=@mysql_query("UPDATE users SET status=1 WHERE uniq_id='".ccd728055424a2894d6c906365fedaf0."' ");
if($r) {echo '<h2>Ваша учетная запись активирована.</h2><br/> Теперь вы можете <a href="index.php">войти на сайт</a> используя данные указанные при регистрации';}
Серавно не меняется, в чем проблема?

Так сделать нельзя, теряется всякий смысл индекса с параметром автоувеличения (auto_increment).

Да и еще вопрос:
Поле id стоит auto_increment и добавляется +1 к каждому и допустим я удаляю 3 первых,как сделать чтоб 4 стал первым  5-2 и так далее?