1) Необходимо создать базу данных [mono]phpmyadmin[/mono].
2) Импортировать файл scripts/create_tables.sql
3) Создать пользователя pma наделив его правами на таблицу phpmyadmin.
4) Отредактировать конфигурационный файл phpMyAdmin (config.inc.php) добавив необходимые строки.
$cfg['Servers'][$i]['controluser'] = 'pma'; /* Имя созданного вами только что пользователя для доступа к расширенным таблицам. */
$cfg['Servers'][$i]['controlpass'] = 'пароль'; /* А здесь его пароль. */
$cfg['Servers'][$i]['pmadb'] = 'phpmyadmin';
$cfg['Servers'][$i]['bookmarktable'] = 'pma_bookmark';
$cfg['Servers'][$i]['relation'] = 'pma_relation';
$cfg['Servers'][$i]['table_info'] = 'pma_table_info';
$cfg['Servers'][$i]['table_coords'] = 'pma_table_coords';
$cfg['Servers'][$i]['pdf_pages'] = 'pma_pdf_pages';
$cfg['Servers'][$i]['column_info'] = 'pma_column_info';
$cfg['Servers'][$i]['history'] = 'pma_history';
$cfg['Servers'][$i]['tracking'] = 'pma_tracking';
$cfg['Servers'][$i]['designer_coords'] = 'pma_designer_coords';