имеет значение куда вставлять данную строчку?

Чтобы было проще, давайте будем считать, что имеет. В определении места для этой строки посмотрите config.sample.inc.php, где вы увидите:

/* Storage database and tables */
$cfg['Servers'][$i]['pmadb'] = 'phpmyadmin';
$cfg['Servers'][$i]['bookmarktable'] = 'pma_bookmark';
$cfg['Servers'][$i]['relation'] = 'pma_relation';
$cfg['Servers'][$i]['table_info'] = 'pma_table_info';
$cfg['Servers'][$i]['table_coords'] = 'pma_table_coords';
$cfg['Servers'][$i]['pdf_pages'] = 'pma_pdf_pages';
$cfg['Servers'][$i]['column_info'] = 'pma_column_info';
$cfg['Servers'][$i]['history'] = 'pma_history';
$cfg['Servers'][$i]['tracking'] = 'pma_tracking';
$cfg['Servers'][$i]['designer_coords'] = 'pma_designer_coords';
$cfg['Servers'][$i]['userconfig'] = 'pma_userconfig';
$cfg['Servers'][$i]['recent'] = 'pma_recent';
$cfg['Servers'][$i]['table_uiprefs'] = 'pma_table_uiprefs';

Но сообщения так и не исчезло.

Попробуйте очистить куки браузера. Сообщение должно исчезнуть, если все сделано верно.

Решение крайне простое.

1) У phpMyAdmin в каталоге scripts есть файл create_tables.sql. Импортируйте его в БД phpmyadmin, которая у вас уже есть.
2) В конфигурационном файле config.inc.php проверьте наличие строки:

$cfg['Servers'][$i]['tracking'] = 'pma_tracking';

Это все. Теперь сможете пользоваться системой слежения за выполненными в phpMyAdmin SQL запросами.

Здравствуйте я установил последнюю версию phpMyAdmin 3.3.10 вернее как установил.

У меня я установил Денвер 3 там был установлен более старый phpMyAdmin без русского языка. Я скачал последнюю версию phpMyAdmin 3.3.10 и в папку phpmyadmin вставил файлы из phpMyAdmin 3.3.10 файл config.inc.php поставил из старой версии и запустил его. Всё вроде заработало но внизу как и пользователя Hanut вылезло такое же сообщения:

Дополнительные возможности для работы со связанными таблицами недоступны. Для определения причины нажмите здесь.

Я выполнил то что вы написали импортировал reate_tables.sql в БД phpmyadmin и вставил  строчку $cfg['Servers'][$i]['tracking'] = 'pma_tracking'; в конфиг файл config.inc.php.

Но сообщения так и не исчезло.
Подскажите что я не так сделал может как то по другому нужно устанавливать (обновлять phpmyadmin)?

1) У phpMyAdmin в каталоге scripts есть файл create_tables.sql. Импортируйте его в БД phpmyadmin, которая у вас уже есть.
2) В конфигурационном файле config.inc.php проверьте наличие строки:

$cfg['Servers'][$i]['tracking'] = 'pma_tracking';

Это все. Теперь сможете пользоваться системой слежения за выполненными в phpMyAdmin SQL запросами.

$cfg['Servers'][$i]['tracking'] string  никто не знает, что за параметр, за что отвечает ??  Просто ситуация следующая:

вот это:
[ Дополнительные возможности для работы со связанными таблицами недоступны. Для определения причины нажмите здесь. ]
внизу загорается на главной ...

Нажимаем [здесь] и попадаем на :   

ну а документация сводится к строке $cfg['Servers'][$i]['tracking'] string ... и что то там по ихнему ..
транслитом переводил - но нифига не понял ((   
гуглил, яндексил и даже рамблерил и яххуил ..  информация проскакивает .. решения какие то есть, но ни одно не помогло(((

чувствую, что дело в мелочи какой то .. но вот в какой??? 

кто сталкивался, и знает как решить эту проблему ??    Ай нид хэлп! )   

ну и пасиба заранее ! )