Где в PhpMyAdmin менять основную кодировку?

Для самого phpMyAdmin менять кодировку не надо, она всегда будет utf-8.

Менять кодировку можно на уровне баз данных, для чего выбираем БД и переходим на страницу операций. Менять кодировку можно на уровне таблицы, для чего выбираем таблицу и так же переходим на страницу операций. Менять кодировку можно на уровне полей, для чего у каждого текстового поля есть параметр "Сравнение".