Но перед тем как обновлять надо сделать backup, своих сайтов
MySQL backup .sql

уже в курсе
да было время туго понимал что такое apache,mysql и т.д...
зато теперь сижу на убунте и очень хорошо разбираться стал во всей этой структуре.

p.s раньше даже не знал как и бекапы делать    зато есть что вспомнить.

Как правильно обновить Apache, MySQL, и phpMyAdmin?

Я бы рекомендовал удалить прежние программы и поставить все заново. Совершенно точно - нельзя оставлять конфигурационные файлы старых версий, в них могут присутствовать измененные или удаленные в новых версиях директивы.

Методом установки предварительно удалив прежние версии, или есть другие способы как можно обновить веб-сервер.
ОС - Windows