Что касается лени заглянуть в конфигурационные файлы, то считаю её непростительной ни для веб-мастеров, ни для администраторов баз данных MySQL. Там и так все предельно просто, проще некуда. Так можно и до 3-кнопочной клавиатуры дойти.

Что касается точного указания размера шрифтов, то здесь все-таки не соглашусь - согласно рекомендациям W3C, предпочтительней использовать относительные размеры.

Разработчики стремятся к тому, чтобы не прилагая особых усилий, пользователь получил бы именно хороший инструмент для работы с БД. Именно для этого был написан конфигурационный скрипт. С его помощью можно настроить phpMyAdmin, заполнив несколько полей на специальной страничке. Однако более узконаправленные параметры пользователь может настроить только в конфигурационном файле.
Так почему бы не сделать тему, которая сразу будет выглядеть красиво, не требуя от пользователя дополнительных телодвижений? Особенно в тех случаях, когда у пользователя нет доступа к конфигурационным файлам phpMyAdmin?

А что касается документации и подробного изучения конфигурационных файлов и тем более изменения, как ты правильно заметил, пользователи в большинстве случаев слишком ленивы или заняты, чтобы этим заниматься. Они просто хотят чтобы ЭТО работало и красиво выглядело. Первую часть желания пользователи получили. Так почему бы не выполнить и вторую?

P.S. замечу, что четкое укащание шрифтов и размеров не нарушит стандарты W3C, в частности CSS2

Мои мысли по данному поводу заключаются в следующем: стандартная тема скрипта (а речь идёт именно о ней, так как остальные темы имеют твёрдоустановленные шрифты и их размеры) предназначена, в первую очередь, для настройки и отображения в том виде, в котором пользователь захочет его видеть. То есть это основа, которая подлежит подгонке самим пользователем. Здесь всё упирается только в то, что далеко не каждый утруждает себя заглянуть в конфигурационные файлы скрипта, впрочем некоторые умудряются даже справку игнорировать, а зря. В них скрыты практически неограниченные возможности по манипулированию отображением.

На мой взгляд большим плюсом разработчиков является их строгое соблюдение стандартов html. Неумение IE работать со шрифтами по умолчанию - является проблемой браузера, но никак не phpMyAdmin'а. Надо упомянуть, что альтернативные браузеры, позволяют гибко настроить данные шрифты, что даёт возможность пользователю сразу получить приемлемое для себя отображение скрипта.

Подытожу. Полностью поддерживаю разработчиков в их стремлении строгого соблюдения стандарта html при выводе стандартной формы скрипта, с предоставлением возможности пользователю гибко настраивать его отображение с помощью конфигурационных директив.

К сожалению, высказываться уже поздновато. Но давайте хотя бы здесь выскажемся (если модератор не против), устраивает ли вас то, что стандартная тема phpmyadmin использует шрифт по умолчанию в браузере.