2. Второй способ требует определённых знаний в устройстве файлов движка джумлы, так как код счётчика вставляется непосредственно в шаблон Вашего сайта.
Как правило счётчики ставят в нижнюю часть сайта (футер). В файл: index.php. Этот файл находится по такому пути: Joomla/templates/ваш шаблон/index.php.
Выберите подходящее место в файле index.php, и вставьте туда код счётчика, так же не забудьте закрыть счётчики от индексации.

<?php
/**
* @version        $Id: index.php 20806 2011-02-21 19:44:59Z dextercowley $
* @package        Joomla.Site
* @copyright    Copyright (C) 2005 - 2011 Open Source Matters, Inc. All rights reserved.
* @license        GNU General Public License version 2 or later; see LICENSE.txt
*/

// Set flag that this is a parent file.
define('_JEXEC', 1);
define('DS', DIRECTORY_SEPARATOR);

if (file_exists(dirname(__FILE__) . '/defines.php')) {
    include_once dirname(__FILE__) . '/defines.php';
}

if (!defined('_JDEFINES')) {
    define('JPATH_BASE', dirname(__FILE__));
    require_once JPATH_BASE.'/includes/defines.php';
}

require_once JPATH_BASE.'/includes/framework.php';

// Mark afterLoad in the profiler.
JDEBUG ? $_PROFILER->mark('afterLoad') : null;

// Instantiate the application.
$app = JFactory::getApplication('site');

// Initialise the application.
$app->initialise();

// Mark afterIntialise in the profiler.
JDEBUG ? $_PROFILER->mark('afterInitialise') : null;

// Route the application.
$app->route();

// Mark afterRoute in the profiler.
JDEBUG ? $_PROFILER->mark('afterRoute') : null;

// Dispatch the application.
$app->dispatch();

// Mark afterDispatch in the profiler.
JDEBUG ? $_PROFILER->mark('afterDispatch') : null;

// Render the application.
$app->render();

// Mark afterRender in the profiler.
JDEBUG ? $_PROFILER->mark('afterRender') : null;

// Return the response.
echo $app;

<!--LiveInternet counter--><script type="text/javascript"><!--
new Image().src = "//counter.yadro.ru/hit?r"+
escape(document.referrer)+((typeof(screen)=="undefined")?"":
";s"+screen.width+"*"+screen.height+"*"+(screen.colorDepth?
screen.colorDepth:screen.pixelDepth))+";u"+escape(document.URL)+
";"+Math.random();//--></script><!--/LiveInternet-->

Сайт был недоступен для нашего робота, поэтому не был проиндексирован

Ранее DNS-сервер не вернул нашему роботу IP-адрес Вашего сайта, поэтому сайт не был проиндексирован. Пожалуйста, воспользуйтесь формой проверки. Если сервер отдает HTTP-код 200, то сайт начнет индексироваться в течение 2 недель, после чего сообщение обновится. Если установить соединение с севером не удается, то по вопросу устранения проблемы Вам нужно обратиться к Вашему провайдеру или хостеру

Проблемы с индексированием сайта могут быть связаны с тем, что ваш веб-сервер отвечает роботам Яндекса не так, как обычным пользователям. Чтобы увидеть, как веб-сервер отвечает роботу Яндекса, укажите URL и нажмите «Проверить».

Поскольку проверка ответа сервера выполняется без учёта директивы Crawl-Delay, инструмент доступен только для подтверждённых сайтов.

Роботы Яндекса делают запросы с различных ip-адресов. Данный инструмент может не выявить проблему, если ваш веб-сервер отвечает по-разному в зависимости от ip-адреса машины, выполняющей запрос.

Код статуса HTTP:  "200 OK"
Время ответа сервера: 220мс
IP сайта: 81.177.140.11
Заголовки:
Transfer-Encoding: chunked
Date: Sun, 04 Dec 2011 14:02:08 GMT
P3P: CP="NOI ADM DEV PSAi COM NAV OUR OTRo STP IND DEM"
Set-Cookie: 88f1c32c503bd839f2da39152477a5e1=6633a0935e827cb1de0a742198d15c70; path=/
Set-Cookie: 88f1c32c503bd839f2da39152477a5e1=deleted; expires=Sat, 04-Dec-2010 14:02:06 GMT; path=/
Connection: close
Content-Type: text/html; charset=utf-8
Server: Jino.ru/mod_pizza
Pragma: no-cache
Cache-Control: no-cache
Кодировка: utf-8
Размер страницы: 9.81Кб

# If the Joomla site is installed within a folder such as at
# e.g. www.example.com/joomla/ the robots.txt file MUST be
# moved to the site root at e.g. www.example.com/robots.txt
# AND the joomla folder name MUST be prefixed to the disallowed
# path, e.g. the Disallow rule for the /administrator/ folder
# MUST be changed to read Disallow: /joomla/administrator/
#
# For more information about the robots.txt standard, see:
# http://www.robotstxt.org/orig.html
#
# For syntax checking, see:
# http://www.sxw.org.uk/computing/robots/check.html

User-agent: Yandex #
Disallow: /administrator/
Disallow: /cache/
Disallow: /cli/
Disallow: /components/
Disallow: /images/
Disallow: /includes/
Disallow: /installation/
Disallow: /language/
Disallow: /libraries/
Disallow: /logs/
Disallow: /media/
Disallow: /modules/
Disallow: /plugins/
Disallow: /templates/
Disallow: /tmp/

Строка   

        14-29        User-agent: Yandex #
Disallow: /administrator/
...
Disallow: /tmp/