MySQL Instance Configuration

Если в этом окне вы не можете установить пароль root - значит каталог data не был удален. Поищите каталог data в системе, он должен быть где-то здесь: C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\MySQL\MySQL Server 5.1\data

В службах MySQL (Control Panel -> Administrative Tools -> Services) не осталось сервиса MySQl/
Каталога  C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\MySQL\MySQL Server 5.1\data также не обнаружила.

В окне, предлагающем создать конфигурационный файл не могу поставить галочки в чек-боксах.
А при нажатии кнопки Execute программа установки зависает. 

На каком именно этапе не ставятся галочки и зависает установка? Сравните с картинками установки здесь http://php-myadmin.ru/learning/instrument-mysql.html

Проверьте в службах не осталась ли там сервиса MySQL (Control Panel -> Administrative Tools -> Services). Возможно было проведено не полное удаление. Удалите, или переместите ранее созданный каталог данных C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\MySQL\MySQL Server 5.1\data

по русски можно пожалуйста

У меня нет русской версии Windows, но примерно будет: Панель управления -- Инструменты администрирования -- Службы.

Возможно проблема в закрытом порте 3306, который необходим для работы MySQL. Попробуйте временно отключить брандмауэр и антивирус. Повторно устанавливать не надо, велика вероятность, что установка прошла успешно, просто зайдите в Control Panel -> Administrative Tools -> Services и вручную запустите службу MySQL. Если службы MySQL нет, то попробуйте повторить установку MySQL с выключенным брандмауэром и антивирусом.

-
-
не понял -Control Panel -> Administrative Tools -> Services - по русски можно пожалуйста