У меня та же проблема.
Сразу уточню, что c PHP + Apache + MySQL работаю с 2000-го года, никаких проблем (тем более с установкой) лет семь не наблюдалось 
Описываю ситуации (связки под WinXP SP2 EN, сжатие в конфигах отключено):
1. Apache 1.4 + MySQL 4.0 + PHP4 + PHP MyAdmin 2.5.5-pl1 = работают идеально
2. Apache 2.2.4 + MySQL 4.0 + PHP5 + PHP MyAdmin 2.5.5-pl1 = работают идеально
3. Apache 2.2.4 + MySQL 4.1 + PHP5 = работают идеально, + phpMyAdmin 2.5.5-pl1 / phpMyAdmin - 2.10.1 = убивает Apache
4. Apache 2.2.4 + MySQL 5.0 + PHP5 = работают идеально, + phpMyAdmin 2.5.5-pl1 / phpMyAdmin - 2.10.1 = убивает Apache
5. Apache 1.4 + MySQL 4.1 + PHP4 = работают идеально, + phpMyAdmin 2.5.5-pl1 / phpMyAdmin - 2.10.1 = убивает Apache
6. Apache 1.4 + MySQL 5.0 + PHP4 = работают идеально, + phpMyAdmin 2.5.5-pl1 / phpMyAdmin - 2.10.1 = убивает Apache
Иными словами, падение любого вышеуказанного сервера Apache с любой вышеуказанной версией PHP происходит только с MySQL 4.1 / 5 (utf-8) при попытке отображения, экспорта, оптимизации содержимого импортированных из версии MySQL 4.0 и даже из MySQL 4.1 (utf-8) таблиц.
Сам импорт происходит нормально.
При импорте пробовалось все: все режимы совместимости, отличные от utf-8 кодировки, - бесполезно.
Бесполезно в том смысле, что импортированные таблицы (базы) замечательно работают непосредственно в проекте (на страницах моего сайта, все команды выполняются), и только при попытке их просмотра phpMyAdmin-ом (а так же попытке через него оптимизировать, починить или экспортировать) сервер падает.
При этом, phpMyAdmin 2.9.2 само собой замечательно работает с MySQL 4.1 и теми же самыми таблицами (просмотр, экспорт/импорт) под Debian-ом.
Короче, некий глюк phpMyAdmin <-> utf-MySQL под, естественно, Windows.
Как быть?