По настройке расширений посмотрите здесь: https://php-myadmin.ru/learning/instrument-pma.html

Спасибо, именно по этой статье в основном и делал, подглядывая также в англоязычный мануал конкретной версии (4.7.8, пробовал также 4.8.2, но он вообще глючный, откатил). Проблема в том, что под юзером "pma" (а также под рутом) ругани про хранилище конфигурации не возникает, а под рабочим "db_admin" (USAGE на всё, ALL на рабочую БД) - очень даже возникает.
Смущают также пустые таблицы в БД "phpmyadmin". Я предположил, что опосля выполнения инструкций, описанных в помянутой статье, они будут заполняться автоматически, возможно, это ошибка, и, скажем, юзеров туда нужно добавлять вручную. И с гуглояндексом проблемы  - все поиски приводят к тем или иным аналогам всё той же статьи, и нигде не говорится о том, на кой чёрт нужен этот controluser. или имеется в виду, что именно под ним надо заходить для настроек, а для работы под обычным аккаунтом - плевать на эту ругань? Совсем запутался, всего три года не работал с MySQL и PHP, а всё уже забыл

Смотрю причину:

Насколько понимаю, надо юзеру дать какие-то разрешения на БД "phpmyadmin", но какие именно?

Прошу прощения за сумбур, могу уточнить по ходу.