Совершенно верно, внешние ключи поддерживаются только InnoDB, но в phpMyAdmin реализована возможность создания связей таблиц любого типа, благодаря специальной таблице, где сохраняются данные о связях. В случае если при выборе БД вы видете вкладку "Дизайнер", значит можете пользоваться всеми возможностями связей. Если данную вкладку вы не видете, значит надо установить расширенные возможности phpMyAdmin.

Седьмым пунктом данной статьи описана установка расширений phpMyAdmin: http://php-myadmin.ru/learning/phpmyadmin-setup.html