К сожалению, больше мне нечего добавить.

Если у вас что-то не получается, то попробуйте посмотреть настройки элементов веб-сервера из данной статьи - Инструментарий веб-разработчика

После установки скрипта по новой, без использования старых данных?

да, установка с нуля занимает 5 мин

вы имеете ввиду shop-script? и рыть нужно в самих php файлах коннекта к базе?

Уже на сайте после переустановки вместо русских букв были ??????????????????????????????????????.

После установки скрипта по новой, без использования старых данных?

Вероятно скрипт сам корректно устанавливает кодировку соединения, то есть при подключении используется запрос SET NAMES cp1251.

Ставили по чистой, с нуля? Кодировки таблиц везде cp1251?

Эти изменения в конфигурации MySQL будут действовать глобально, поэтому при установке скрипта в utf8 могут начаться проблемы уже с ним.

Верю, были, т.к. применял и это.

[mysql]
default-character-set=cp1251
[mysqld]
default-character-set=cp1251
init-connect="SET NAMES cp1251"

Уже на сайте после переустановки вместо русских букв были ??????????????????????????????????????.

Как я понял, они не перекодируются в latin1, а просто пишутся как latin1, и phpMyAdmin воспринимает их как latin1, а загурбулины отображаются потому что на самом деле это cp1251.
А при соединении они тоже передаются как latin1, только браузер понимает что это cp1251.

Но почему тогда у joomla при такой-же кодировке всё отображается отлично?

P.S. и ещё добавлю, вчера поставил на удалённый  хост тот же shop-script, где phpMyAdmin пишет MySQL-кодировка: Windows-1251, то русские символы в phpMyAdmin были знаками ?????????????????, а не ??????????? ????, как в моей базе.

character_set_connection     latin1

Проблема заключается в этом.

В my.ini необходимы изменения:
[mysql]
default-character-set=cp1251
[mysqld]
default-character-set=cp1251
init-connect="SET NAMES cp1251"

Эти изменения в конфигурации MySQL будут действовать глобально, поэтому при установке скрипта в utf8 могут начаться проблемы уже с ним.

После внесения данных изменений придется переустановить скрипты и ввести все данные заново, либо перекодировать имеющиеся сейчас данные.
Если требуется перекодирование дампа, то это придется рассматривать отдельно.

Объясняю почему кирилица отображается на сайте, хотя в БД лежат крякозябы.
Кодировка соединения latin1, поэтому данные при записи, которые на самом деле находятся в cp1251, записываются именно в latin1 (кодировка таблиц имеет меньший приоритет, чем кодировка соединения; крякозябы - это символы из таблицы latin1 на месте которых в cp1251 находится кирилица). При выборке данных подключение опять-таки идет с кодировкой latin1, поэтому на сайте отображается кирилица (крякозябы выбираются как latin1 но отображаются на странице с кодировкой cp1251).

С крякозябами в БД у вас не будет корректно работать поиск и сортировка.

При подключении через root, запрос SET NAMES не работает. root - техническая учетная запись, предназначенная исключительно для администрирования сервера MySQL.

my.ini

[client]
port=3306

[mysql]
default-character-set=latin1

[mysqld]
port=3306
basedir="C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 4.1/"
datadir="C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 4.1/Data/"
default-character-set=latin1
default-storage-engine=INNODB

SHOW VARIABLES LIKE 'char%';

character_set_client     utf8
character_set_connection     latin1
character_set_database     cp1251
character_set_results     utf8
character_set_server     latin1
character_set_system     utf8
character_sets_dir     C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 4.1\share\char...
[size=16]
локальный сервер, конкретно сейчас вопрос о shop-script, а вообще и joomla есть и другое.

причём joomla отлично отображается, и она тоже в кодировке 1251[/size]

вот огрызок дампа

-- MySQL Administrator dump 1.4
--
-- ------------------------------------------------------
-- Server version    4.1.16-nt

/*!40101 SET @OLD_CHARACTER_SET_CLIENT=@@CHARACTER_SET_CLIENT */;
/*!40101 SET @OLD_CHARACTER_SET_RESULTS=@@CHARACTER_SET_RESULTS */;
/*!40101 SET @OLD_COLLATION_CONNECTION=@@COLLATION_CONNECTION */;
/*!40101 SET NAMES utf8 */;

/*!40014 SET @OLD_UNIQUE_CHECKS=@@UNIQUE_CHECKS, UNIQUE_CHECKS=0 */;
/*!40014 SET @OLD_FOREIGN_KEY_CHECKS=@@FOREIGN_KEY_CHECKS, FOREIGN_KEY_CHECKS=0 */;
/*!40101 SET @OLD_SQL_MODE=@@SQL_MODE, SQL_MODE='NO_AUTO_VALUE_ON_ZERO' */;

--
-- Create schema db_shop
--

CREATE DATABASE /*!32312 IF NOT EXISTS*/ db_shop;
USE db_shop;

--
-- Table structure for table `db_shop`.`ss_categories`
--

DROP TABLE IF EXISTS `ss_categories`;
CREATE TABLE `ss_categories` (
  `categoryID` int(11) NOT NULL auto_increment,
  `name` varchar(255) character set latin1 default NULL,
  `parent` int(11) default NULL,
  `products_count` int(11) default NULL,
  `description` text character set latin1,
  `picture` varchar(30) character set latin1 default NULL,
  `products_count_admin` int(11) default NULL,
  PRIMARY KEY  (`categoryID`)
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=cp1251 COLLATE=cp1251_bin;

Проблема не в phpMyAdmin, и настроить его не удастся, судя по всему данные из скрипта приходят в кодировке latin1.

Как я понял у вас есть доступ к конфигурационному файлу MySQL (my.ini). Уточните: это локальный сервер? Что за скрипт?
Проверьте также чтобы подключение скрипта шло не через пользователя root.

Есть сайт, и в кодировке Windows-1251 отображает всё.
Сайт и админка отлично работают.

Но при выполнении запросов из phpMyAdmin выводит примерно такое(например по select * from ss_categories;):
??????????
????? / ?????
??????? ?????

Что я только не делал, и настраивал phpMyAdmin, $cfg['DefaultCharset'] = 'windows-1251';
и md.ini и многое другое, причем ничего не менялось.

на домашней страничке phpMyAdmin пишет вот такое:
MySQL-кодировка:  UTF-8 Unicode (utf8), причём сколько я и что я не менял, оно там всегда таким оставалось.

Как заставить phpMyAdmin работать с cp1251?

Спасибо.