disable_functions - где их можно посмотреть?

Создайте скрипт и запустите его.

<?php phpinfo(); ?>

По каталогу не знаю почему он не находится. Посмотрите логи Apache, может там по этому поводу будут записи.

Fox_ch2
Имена каталогов на Unix регистрозависымы, поэтому обратите внимание на это: $cfg['UploadDir'] = './Upload';

Если вы имеете в виду проверку отключенности функции set_time_limit(), то посмотрите нет ли ее в данной директиве PHP - disable_functions.

Какую фишку вы имели в виду - не понял. config.default.php редактировать нельзя!

Upload создал такой же какой и в конфиге прописан

фишку я имел ввиду запрет функции
disable_functions - где их можно посмотреть?

Если вы имеете в виду проверку отключенности функции set_time_limit(), то посмотрите нет ли ее в данной директиве PHP - disable_functions.

Какую фишку вы имели в виду - не понял. config.default.php редактировать нельзя!

[mono]<?php
$cfg['PmaAbsoluteUri_DisableWarning'] = TRUE;
$cfg['blowfish_secret'] = '*******';
$cfg['Servers'][1]['auth_type'] = 'cookie';
$cfg['Servers'][1]['user'] = '';
$cfg['UploadDir'] = './Upload';
$cfg['ExecTimeLimit'] = 0;
?>
[/mono]

страница импорта

и где проверить в настройках PHP 
я так понимаю эта фишка может быть прописанна в config.default.php

Вероятно у вас в настройках PHP задано игнорирование функции set_time_limit(), которая используется при задании $cfg['ExecTimeLimit'].

$cfg['UploadDir'] = './upload';
$cfg['ExecTimeLimit'] = 0;

когда путь к папке написал не правильный, то в странице импорта было написанно что директория не верна
когда все сделал как надо, то почему то не отображается выбора, чтоб загружать базы из этой директории, предлагается кнопка обзор, где я могу выбрать только локально со своей машины

сервак находится удаленно, дампы подгружаю по ssh

Server version          5.0.45
Protocol version        10
Connection              Localhost via UNIX socket

сначала по FTP заливаю на хост а потом
mysql -u -p -В (база) < /......

но надо прогрузить обьемную базу, весит 180 метров
кол-во строк за 3 000 000 переваливает
пишет ошибку по превышению времени выполнения запроса хоть и был установлен ключь $cfg['ExecTimeLimit'] = 0;

$cfg['UploadDir'] = './upload';
$cfg['ExecTimeLimit'] = 0;

2) Создайте в корне phpMyAdmin каталог upload и загрузите в него дамп, после чего он появится в выпадающем меню на странице импорта.
3) Выберите дамп и импортируйте.