В пакете Debian хитровато организованны конфиги pma (их там несколько, и все иклюдются в основной). Я добавил еще одну опцию $cfg['Servers'][$i]['hide_db'] = 'information_schema'; и добавил её в секцию, где описывается конфигурация следующего сервера, вот поэтому и получился этот выпадающий список. Просто все свои опции нужно добавлять в нужную секцию.
Спасибо за ответ. Проблема решена.
PS в самом конфиге написаны полезные комментарии, просто был невнимателен.
]]>
