Помоги со структурой БД

Если связь таблиц нужна только логическая, без выполнения каких-либо операций над связанными таблицами, то осуществить ее можно через поля первичных ключей. Например: таблица преподавателей имеет первичный ключ id, есть таблица предметов, которая тоже имеет первичный ключ id; теперь создаем третью таблицу назначающую преподавателям предметы, полей у этой связывающей таблицы может быть три - первичный ключ связи, id преподавателя и id предмета. Первичный ключ связи нужен, чтобы иметь возможность эту связь удалить или отредактировать.

Верно. Только эти два запроса можно объединить с помощью конструкции JOIN.

Идея в том, что один предмет может принадлежать разным преподавателям. Если каждый предмет может принадлежать только одному преподавателю, то связь таблиц будет еще проще: в таблице предметов необходимо создать поле в котором будет храниться идентификатор преподавателя.

СДела так, как говорили, с помощю JOIN получил список id предметов, которые ведёт преподаватель, теперь массив такого вида:

Array
(
    [0] => Array
        (
            [ID] => 1
            [NAME] => Василий Петрович
            [DISCIPLINE_ID] => 1
        )
    [1] => Array
        (
            [ID] => 1
            [NAME] => Василий Петрович
            [DISCIPLINE_ID] => 2
        )
)

нельзя ли сделать, чтобы при выборке взращался такого вида массив? или это уже только самому преобразования делать нужно?

Array
(
    [0] => Array
        (
            [ID] => 1
            [NAME] => Василий Петрович
            [DISCIPLINE_ID] => Array
                                            (
                                               [0] => 1
                                               [1] => 2
                                             )
        )
)