Спасибо за отзыв!
Я как раз так и пробовал с самого начала сделать,
cd ext/mysql
/home/$USER/php/bin/phpize
./configure --with-php-config=/home/$USER/php/bin/php-config --with-mysqli=/home/$USER/php-5.3.10/ext/mysqli/
~/tmp/php-5.3.10/ext/mysqli]$ ./configure --with-php-config=/home/$USER/php/bin/php-config --with-mysqli=/home/$USER/php-5.3.10/ext/mysqli/
checking for egrep... grep -E
checking for a sed that does not truncate output... /usr/bin/sed
checking for cc... cc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether cc accepts -g... yes
checking for cc option to accept ANSI C... none needed
checking how to run the C preprocessor... cc -E
checking for icc... no
checking for suncc... no
checking whether cc understands -c and -o together... yes
checking for system library directory... lib
checking if compiler supports -R... yes
checking build system type... i386-unknown-freebsd6.2
checking host system type... i386-unknown-freebsd6.2
checking target system type... i386-unknown-freebsd6.2
checking for PHP prefix... /home/partek2/php
checking for PHP includes... -I/home/partek2/php/include/php -I/home/partek2/php/include/php/main -I/home/partek2/php/include/php/TSRM -I/home/partek2/php/include/php/Zend -I/home/partek2/php/include/php/ext -I/home/partek2/php/include/php/ext/date/lib
checking for PHP extension directory... /home/partek2/php/lib/php/extensions/no-debug-non-zts-20090626
checking for PHP installed headers prefix... /home/partek2/php/include/php
checking if debug is enabled... no
checking if zts is enabled... no
checking for re2c... re2c
checking for re2c version... invalid
configure: WARNING: You will need re2c 0.13.4 or later if you want to regenerate PHP parsers.
checking for gawk... no
checking for nawk... no
checking for awk... awk
checking if awk is broken... no
checking for MySQLi support... yes, shared
checking whether to enable embedded MySQLi support... no
mysql_config not found
configure: error: Please reinstall the mysql distribution

Уже по всякому перепробовал... Тут ещё вопрос, по идее компиляция какая-то идёт командой /home/$USER/php/bin/phpize
Я перед компиляцией пробовал удалять с папки то что он накомпилировал, и заливал заново с распакованного дистрибутива.
Уже возможно напортачил там, но переустанавливать с самого начала пока не вижу смысла, потому что сразу после установки MySQL приступил к установке MySQLi, путём замены MySQL на MySQLi и это привело к ошибке...
Как ещё попробовать?.. Нужен MySQLi шибко)