Curt
Индексный файл .MYI - хранятся в нем индексы таблицы, которые устанавливаются во время ее создания CREATE TABLE или изменения ALTER TABLE.
Во 2 пункте сказано, что надо создать таблицу со сходной структурой, но без индексов. Не знаю почему так надо делать, но попробовать можно, только не забудьте потом добавить индексы и установить в корректное значение AUTO_INCREMENT, которое должно быть на один больше максимального значения поля имеющего данный параметр.
В 4 пункте написано, что после REPAIR TABLE tbl_name USE_FRM; (аналог myisamchk) должно произойти считывание из файла данных .MYD (Number of rows changed from 0 to xxxx).
У вас при восстановлении происходит очистка файла данных .MYD, значит где-то что-то сделано не так.
Изменения в каталоге data необходимо делать при выключенном MySQL - единственное, что могу еще отметить.