Вопрос от новичка - удалил и вернул файлы, сайт - не работает

Народ, прежде всего - я не программист и с трудом понимаю нюансы работы, просьба камнями не кидать.

Гугл выдавал по запросу в поисковике один из файлов с расширением php, которому вообщем незачем было висеть в общем доступе. Вообщем, коряво и некрасиво. Так как программиста найти очень трудно - пропадает месяцами, я будучи уверен в том что если файл сохраню всегда смогу его вернуть - предварительно сохранив, стёр его. Оказалось, что без него некоторые элементы сайта не работают (ну я и не был удивлён). Но был удивлён, когда они так и не заработали, когда я записал его обратно.
Перенервничав, заменил все основные файлы висящие в корне public html, но не заимел ничего кроме как новых ошибок - теперь не запускается админка (которая отдельным файлом находится на моём компьютере) и глючат многие флеш элементы.

Я наверное большой дурак, но наивно думал что если вернуть всё на место - всё будет работать. Ан нет. Вообщем сайт теперь не рабочий, ждать программиста - не знаю сколько недель, клиентов теперь не светит, денег к новому году соответственно тоже

Могу ошибаться, но интуитивно мне кажется что проблема может быть:

а) При копировании из директадмин и восстановлении обратно файлы таки как-то видоизменяются, поэтому после замены элементы за которые они отвечают - не работают

б) В пхпадмин или где-то ещё нужно что-то запустить чтобы файлы "съелись". Но я не понимаю что.

Вот такая дурацкая ситуация - вроде стёр файлы и вернул, но мудрёный сайт моего программиста - не пашёт. Возможно (надеюсь) дело на 5 сек. Но что делать?

Я абсолютно не программист, вожусь с директадмином совсем немного, прошу простить если пишу что-то смешно или глупо. Очень надеюсь на совет - сайт я сам себе запорол в такой важный момент когда по нему ходят важные клиенты

Заранее спасибо.